Η νέα GR Supra απέκτησε επιτέλους αυτό που έλειπε για να συμπληρωθεί σωστά η γκάμα της, ένα χειροκίνητο κιβώτιο ταχυτήτων. Το χειροκίνητο κιβώτιο σχεδιάστηκε εκ νέου προκειμένου να εφαρμόσει στον S58 των 3.0lt που αποδίδει 387Ps και 50,7kgm ροπής. Το κιβώτιο ταχυτήτων διαθέτει ανασχεδιασμένες σχέσεις και τροποποιημένο κέλυφος, ενώ νέος είναι ο κεντρικός άξονας μετάδοσης κίνησης, αλλά και ο μεγαλύτερος σε διάμετρο συμπλέκτης, ο οποίος έχει ενισχυμένα ελατήρια. Η τελική σχέση μετάδοσης είναι κοντύτερη, ενώ τα συστήματα ευστάθειας του αυτοκινήτου έχουν προσαρμοστεί για να λειτουργούν συνεργαζόμενα με το χειροκίνητο κιβώτιο. Το Track mode έχει αναβαθμιστεί προκειμένου να μπορεί να οδηγηθεί πλαγιολισθαίνοντας ευκολότερα το αυτοκίνητο, ενώ υπάρχει και ένα mode ακόμα, το Haripin+ στο οποίο περιστρέφονται με διαφορετική ταχύτητα οι πίσω τροχοί, προκειμένου να στρίψει πιο γρήγορα σε μια διαδρομή με αλλεπάλληλες στροφές. Η GR Supra θα είναι διαθέσιμη και σε μια ειδική έκδοση περιορισμένης παραγωγής, των 500 μονάδων, η οποία θα είναι εξοπλισμένη αποκλειστικά με το χειροκίνητο κιβώτιο και θα έρχεται σε δύο αποχρώσεις, λευκό ματ ή CU Later Gray, με κόκκινα διακοσμητικά και ζάντες των 19in σε απόχρωση Frozen Gunmetal Gray. Στο εσωτερικό θα έχει δερμάτινα καθίσματα, Alcantara επένδυση στην φούσκα του επιλογέα, που θα έχει το λογότυπο GR και ηχοσύστημα της JBL με 12 ηχεία. Εκτός από το χειροκίνητο κιβώτιο, η GR Supra με τον 3.0lt κινητήρα θα έχει αναβαθμισμένες αναρτήσεις, ενεργό πίσω διαφορικό και επίσης αναβαθμισμένο σύστημα διεύθυνσης. Η GR Supra θα ξεκινήσει τις πωλήσεις της στην Αμερική μέσα στο καλοκαίρι του 2022.