Η Pagani Huayra R διαθέτει ένα καινούργιο monocoque πλαίσιο, αποτελούμενο από την τελευταία λέξη της τεχνολογίας όσων αφορά τα συνθετικά υλικά που το συνθέτουν, το οποίο επίσης έχει ενσωματωμένο roll-cage,  καθώς και τα καθίσματα οδηγού και συνοδηγού, έχοντας παράλληλα εναρμονιστεί πλήρως με τους κανονισμούς και τις απαιτήσεις ασφαλείας της FIA για την κατηγορία GT. Το αποτέλεσμα; Αυξημένη η στρεπτική ακαμψία κατά 16% σε σχέση με την «απλή» Huayra, με το βάρος να φτάνει στα 1.050kg, χωρίς υγρά. Τα νέα της αεροδυναμικά βοηθήματα της επιτρέπουν να παράγει 1.000kg downforce στα 320km/h.

Ο κινητήρας της είναι ένας νέος ατμοσφαιρικός V12 των 6.0lt που αποδίδει 850Ps στις 8.250rpm και 76,5kgm ροπής από τις 5.500rpm μέχρι και τις 8.300rpm, με το βάρος του να φτάνει μόλις τα 198kg. Χρησιμοποιεί σύστημα άμεσου ψεκασμού των 200bar και είναι κατασκευασμένος από την AMG σε συνεργασία με την HWA, με τον σχεδιασμό και την εξέλιξή του να έχουν διαρκέσει δύο χρόνια.

Η HGA έχει εξελίξει και το σειριακό κιβώτιο των έξι σχέσεων, το οποίο χρησιμοποιεί τρίδισκο  συμπλέκτη και ζυγίζει 80kg. Τα φρένα χρησιμοποιούν κεραμικούς δίσκους των 410x38mm εμπρός και 390x34mm πίσω, με εξαπίστονες δαγκάνες της Brembo.

Η Pagani Huayra R είναι σχεδιασμένη για χρήση αποκλειστικά εντός πίστας και θα παραχθεί σε μόλις 30 μονάδες, με τον εκάστοτε αγοραστή της να καλείται να δώσει το ποσό των €2.600.000 χωρίς τους φόρους.